特种部队2全面反击，这天公爵和拦路虎在休假的时候正玩着游戏机，突然收到任务要去某国夺回被恐怖分子劫持的几枚核弹头。行动进展的顺利没有付出伤亡代价就夺回了核弹，但是正当准备从该地区撤离的时候，没想到遭到了眼镜蛇部队袭击，只幸存了拦路虎杰伊小姐弗森。公爵为了救弗森领了便当挂掉了，这3人还是躲在井里逃过一劫，但是实际上眼镜蛇在袭GIJOEZ击之后，部队搜索有没幸存者时就发现了这口井，只是往井里开了几枪，真巧一枪都没打中，而不是扔颗手雷这不是一下就死翘翘了吗，而美国政府宣称RGIJOEH叛变已被全部消灭。

伪装大师很高兴这次计划啊，GIJOER被一窝端了，那么下一步就该解救首领了，而关押位置还不清楚，只好利用各种手段从美国总统那得知关押位置后，派白幽灵跟萤火配合解救眼镜蛇指挥官，计划比较顺利，关押地点不在航母上而是换到了某个高等监狱里。

解救过程中白幽灵意外烧伤，被眼镜蛇指挥官安排到尼泊尔疗养，而迪斯特罗也被开除了，当忍者集团得知白幽灵在尼泊尔疗养后，拍蛇眼和白幽灵的妹妹去抓捕。只有抓捕到白幽灵才能知晓眼镜蛇的下一步计划，于是蛇眼跟白幽灵的妹妹去尼泊尔抓捕白幽灵，然后就是N个人在悬崖荡秋千。结果红色的武士全部挂掉，两人零损伤完成任务。经过审讯忍者集团得知当年大师不是白幽灵杀的，而是伪装大师干的，也知道眼镜蛇下一步的作战计划。

另一方面存活的拦路虎等三人也回到了美国，通过杰伊小姐的细心观察发现，现在的美国总统说话和手的放置跟以前的不同是假冒的。拦路虎找到了退休的将军说明了总统是冒牌的，而将军提供线索让拦路虎等三人去调查。这个总统到底是不是替身，杰伊小姐混进了一场晚宴，从冒牌总统那获取了一根头发，通过基因搜索发现这个假冒总统是伪装大师撒旦假冒的，眼镜蛇指挥官指派伪装大师召开裁减核武器大会，把拥有核武器的各国首脑聚集到一起开会，利用机谋销毁了各国的核武器，并拿出眼镜蛇新式武器胁迫各国。

这时EGIJOE候分头行动一面解救总统，一面破坏眼镜蛇的行动，最终萤火被拦路虎杀了。伪装大师被白幽灵杀了，但是眼镜蛇指挥官却逃跑了，这明显是还有续集的节奏啊。